Trosaåns åtgärdsområde tillhör Sveriges mellersta skogsområde. Karaktäristiskt för detta område är landskapets blandade brutenhet, myrar och morän samt förekomsten av många små sjöar. Åtgärdsområdet har sitt källområde i Mälarmården strax söder om Åkers styckebruk. Från ett flertal mindre skogssjöar i Mälarmården rinner vattnet söderut genom flera sprickdalar, inramade av bergs- och moränhöjder för att slutligen mynna i Östersjön vid Trosa. Strängnäsåsen löper genom hela åtgärdsområdet i en sådan sprickdal. Inlandsisen haft stor inverkan på landskapet och det är i isälvsavlagringar områdets grundvattenförekomster finns. Åtgärdsområdet ligger i mellansvenska sänkan och då området ligger under högsta kustlinjen kan relikt havsvatten eller havssalt förekomma. Huvuddelen av berggrunden utgörs av svårvittrad gnejsgranit, vilket ger en svag motståndskraft mot försurning. I dalgångarna finns ofta leriga jordar som har en bättre buffringsförmåga. Det är vanligt förekommande med moränjordar och berggrund med relativt få sprickor, vilket ger en begränsad mängd med grundvatten.

Vattensystemets vackraste platser används flitigt för friluftsaktiviteter. Delar av åsystemet utgör populära kanotleder och Trosaån erbjuder på sina håll rika möjligheter till fritidsfiske. Som skydd för de mest värdefulla limniska habitaten har två Natura 2000 områden upprättats. 158 områden är identifierade som misstänkt förorenade enligt länsstyrelsens uppgifter, men endast ett fåtal av dessa har genomgått närmare granskning för att bekräfta misstanken. Det finns över 20 dämmen inom området och omkring 56 torrläggnings- och sjösänkningsföretag. Dessa påverkar hydromorfologin i området och bidrar tillsammans med bland annat jordbruket till vattensystemets näringsstatus.